Po sukcesach w kartingu w Australii, kilku zwycięstwach w Australijskiej Formule Ford (1994-1995) i Formule Holden (1996) przeniósł się do Anglii, gdzie dalej startował (z sukcesami) w Formule Ford. Nadeszły starty w Brytyjskiej F3. 4 pozycja w końcowej klasyfikacji w pierwszym sezonie startów oraz kilka znakomitych startów zwróciły uwagę Mercedesa i Australijczyk trafił do FIA GT z zespołem AMG Mercedes. Razem z partnerem z zespołu (Bernd Schneider) wygrał 5 wyścigów i zakończył sezon na 2 miejscu. Na sezon 1999 pozostał w AMG mając nadzieje na zostanie pierwszym kierowcą ekipy. Pech sprawił, że mistrzostwa FIA GT zostały wstrzymane, a z powodu problemów w Le Mans 24h starty zostały zawieszone.
Webber zdecydował się wrócić do bolidów. Przy pomocy Paula Stoddarta przeszedł do F3000. Skończył sezon 1999 testując, w 2000 roku był trzeci, a w 2001 - drugi w koncowej klasyfikacji, jednocześnie zostając kierowcą testowym Benettona. W 2002 roku zadebiutował w F1 w Minardi, zdobywając w debiucie punkty w Australii i zachwycając wielu obserwatorów.
Kolejne lata to starty w Jaguarze, gdzie jednak słabe auto nie dało mu możliwości walki o lepsze rezultaty. Mimo tego kilka razy pokazał się z dobrej strony, np. gdy był o kilka setnych sekundy od Pole Position w Brazylii 2003, czy gdy wywalczył pierwszy rząd w Malezji 2004. W roku 2005 będzie kierowcą Franka Williamsa, mając szansę być pierwszym od Alana Jonesa mistrzem wywodzącym się z kraju kangurów.